一、實行統一監督管理下的資質審批兩級管理制度
《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》(以下簡稱《辦法》)仍然堅持施行環境污染治理設施運營資質統一監督管理原則。國務院環境保護行政主管部門監督管理資質的審批，制定運營資質分類分級條件，統一現場管理和操作人員崗位培訓及考試要求，統一資質證書和崗位培訓證書的樣式等。但對資質審批權限做較大調整，省級環境保護行政主管部門負責本行政區域內甲級資質的初審，簽署初審意見；負責乙級、臨時資質的審批。國務院環境保護行政主管部門負責甲級資質的審批。
調整后的資質審批兩級管理制度有以下特點:一是堅持了運營資質統一監督管理的原則，實行管理程序、認定條件、運營要求、培訓考試要求、證書格式等五個統一；二是提高甲級資質審批標準，引導業態向集約化方向發展，有利于促進運營企業做大做強；三是下放乙級、臨時資質審批權限，既明確了省級環保部門的審批權力，同時對其審批及監管責任也進行了明確，做到責任和權力的統一，對運營資質的審批及其監管將起到很好的促進作用，從而推動設施運營服務業的發展。
二、調整了運營資質類別和等級條件
針對當前脫硝設施的大規模建設以及污水處理廠污泥、農業廢棄物等有機廢物專業化運營的出現，運營資質類別在原來基礎上增加了有機廢物，并將除塵脫硫改為除塵脫硫脫硝。
運營資質等級也進行了調整，分為甲級、乙級、臨時資質。新《辦法》對運營資質的等級劃分條件仍然主要考慮反映企業運營能力的企業規模、專業技術能力、運營業績等指標。新《辦法》提高了甲級資質的認定條件，比如注冊資金、專業人員數量、業績規模、檢測化驗能力等。
三、規定了地方乙級、臨時資質申請與審批程序
新《辦法》基本沿用原《辦法》規定的資質申請、審批程序和要求。根據審批權限的調整，新《辦法》明確了省級環保部門對乙級資質申請與審批的程序。為全面、集中、準確反映申請單位實際運營能力，新《辦法》進一步細化了資質申請表填報內容。同時，將正式資質有效期延長至5年，臨時資質有效期延長至兩年，以利于企業的發展。
四、進一步明確了對持證單位運營活動的要求
新《辦法》新增了“第三章運營管理”，集中規定了對持證單位運營活動的要求，包括:運營合同簽訂、運營方的責任、設施投入運營應具備的條件、項目備案制度、設施運行要求、設施運行評估、運營活動年度考核等。為了加強對運營服務方的監督，引導其用好管好環保設施，新《辦法》強化了對持證單位的年度考核，要求持證單位每年必須對其負責運營的設施及其運行情況進行評估，在此基礎上編報設施運營情況年度報告表。
五、加強了對環境污染治理設施運營活動的執法監督
針對原《辦法》對持證單位日常運營活動監管不足的情況，新《辦法》規定“縣級以上環境保護主管部門應當按照屬地管理的原則，將對環境污染治理設施運營活動的管理納入日常執法監管工作范圍，依照有關法律、法規和本辦法的規定，通過書面檢查和實地核查等方式，對持證單位的運營活動進行監督檢查”。新《辦法》還進一步明確了監管措施以及對檢查人員和被檢查單位的要求。
